Лучше всего для этого использовать функции is_uploaded_file() и mode_uploaded_file() из стандартного API PHP. Использование этих функций не вызывает никаких проблем с безопастностью и ошибок, в отличие от open(), copy() и пр. Например:
<?php
if(is_uploaded_file($userfile))
move_uploaded_file($userfile,"../somedir");
?>
